Rođen je u Mariboru, u karijeri je upisao 37 nastupa i deset pogodaka za njemačku reprezentaciju, a nogometni put završio je u Rijeci 2006. godine. Fredi Bobić nakon igračke karijere usmjerio se u poziv sportskog direktora, a nakon što je taj posao obavljao u Stuttgartu i frankfurtskom Eintrachtu, u lipnju 2021. na istu je funkciju stigao u berlinsku Herthu. No, njihova suradnja nije bila duga, rastali su se nakon malo više od godinu i pol dana, u siječnju 2023.
S obzirom na to da je 52-godišnji Nijemac imao važeći ugovor do kraja lipnja 2024., s bivšim klubom vodi sudsku bitku za čak 3,5 milijuna eura, za koje smatra da su mu trebali biti isplaćeni nakon otkaza.
Iako je suđenje bilo zakazano za četvrtak (2. svibnja) u Berlinu, otkazano je čak četvrti put. I to u zadnjoj sekundi, zbog "veta" berlinskog kluba, koji je pokrenuo postupak protiv odgovornog suca, zbog kojega je sve odgođeno, prenose Sportske novosti pisanje Bilda. Prvi termin u procesu bio je zakazan još 13. rujna prošle godine, a cijela situacija prilično je neobična.
Dobije li Bobić spor, trebao bi mu biti isplaćen spomenuti iznos, odnosno, ostatak predviđenog ugovora, oko 3,5 milijuna eura, a Nijemci pišu da bi suđenje moglo biti održano 27. svibnja.
U karijeri je ukupno zabio 108 pogodaka u Bundesligi, a u sezoni 1995./95. bio je i najbolji strijelac lige, dok je 1996. bio europski prvak s Njemačkom.