Donji tok rijeke Neretve zagađuju industrijski pogoni od Čapljine do Konjica, gdje se u rijeku ispuštaju otpadane vode a nije tajna ni da kanalizacija grada Mostara završava upravo u koritu Neretve. Posljednja istraživanja koja je provela Agencija za vodno područje Jadranskog mora iz Mostara zvone na uzbunu jer je u Neretvi kod Konjica pronađena velika količina teških metala, bakra, cinka i nikla čak desetak puta veća od dopuštenih vrijednosti, koje rijeka dalje nosi svojim tokom prema Ušću.